Здравствуйте вы можете в договор вписать как одну супругу, так и обоих супругов, все верно вам разъяснил менеджер при оформлении договора, как вам удобнее так и вписывайте договор.

Рассуждения верные. И так и так квартира будет в общей собственности. Отличия только в том долевая или совместная собственность. Вычет можно будет получить.

Все нажитое в браке в том числе и кредиты - являются совместной собственностью независимо от того у кого право собственности.

Для получения налогового имущественного вычета лучше, чтобы квартира была в общей совместной собственности, если доход супруги выше. Поэтому оформляйте договор на ее имя.